Mitte Oktober 1941 begann die systematische Deportation der Juden aus dem Zentrum des deutschen Machtbereichs. Tausende wurden in Zügen aus Berlin, Wien, Prag, Düsseldorf, Hannover und anderen Städten in das Ghetto Litzmannstadt, nach Minsk, Kaunas oder Riga, und später direkt in die Vernichtungslager gebracht und dort ermordet. Auch aus dem vermeintlichen Vorzeigeghetto Theresienstadt im Protektorat Böhmen und Mähren gingen Deportationszüge nach Auschwitz. Band 6 der auf 16 Bände angelegten Edition „Judenverfolgung 1933-1945“ schildert die Lage der Juden und den um sich greifenden Schrecken, als die ersten abgeholt wurden und nachdem Lebenszeichen von den deportierten Freunden und Verwandten ausblieben.
Briefe, Tagebücher, Behördenschreiben und Zeitungsartikel dokumentieren die staatlich organisierte Vernichtungspolitik, die Reaktionen der nichtjüdischen Nachbarn sowie der Regierungen anderer Länder und nicht zuletzt auch die Versuche der Juden, sich dem Transport in den Tod zu entziehen.